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入院后几天仍不能明确诊断的申请全院讨论

7天。根据查询《中华人民共和国医师法》显示，入院后五日内不能确诊的，需进行科室内讨论；入院后7日内未能确诊的，需组织全院讨论。明确诊断是按正确诊断的方向进行进一步检查和排除，最终确诊病情和病因并且给出合理的治病方案。