染色质免疫共沉淀(ChIP)实验方法及步骤详解
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- 2025-05-04 18:46:05
染色质免疫共沉淀(ChIP)实验是研究基因调控的重要工具。其原理是在保持组蛋白和DNA结合的同时,利用针对特定组蛋白标记的生物抗体将染色质切成小片段并沉淀。此方法由抗原蛋白质和抗体的特异性结合以及细菌蛋白质的“prorein A”与免疫球蛋白FC片段的结合发展而来。目前,常用精制的prorein A预结合到agarose珠上,通过与含有抗原的溶液及抗体反应,从而精制抗原。
实验准备包括细胞样品和一系列试剂、试剂盒、仪器和耗材。具体步骤如下:
一、细胞的甲醛交联与超声破碎(第一天)
首先,将细胞与甲醛反应以交联,37℃孵育10分钟后终止交联,随后用甘氨酸终止反应并清洗细胞。接着收集细胞并加入含有蛋白酶抑制剂的SDS裂解液,超声破碎细胞。
二、除杂及抗体哺育(第一天)
超声破碎后,通过离心去除不溶物质,留取部分样本用于实验,其余样本保存。在实验样本中加入抗体或对照,按照特定步骤处理并检测超声破碎效果。
三、检验超声破碎的效果(第一天)
取一部分超声破碎产物加入5M NaCl解交联,并用酚/氯仿抽提,电泳检测破碎效果。
四、免疫复合物的沉淀及清洗(第二天)
将实验样本过夜孵育,随后添加ProteinA Agarose/SalmonSperm DNA沉淀复合物,并通过一系列清洗步骤去除杂质。
五、DNA样品的回收(第三天)
在完成清洗步骤后,通过特定缓冲液解交联,加入RNaseA、EDTA、蛋白酶K等试剂处理后,使用omega胶回收试剂盒回收DNA片段,并将DNA溶于ddH2O中。
六、PCR分析(第三天)
最后,通过PCR分析回收的DNA片段以验证ChIP实验结果。实验过程中需注意抗体和缓冲液的选择,以确保实验的成功和准确性。
执行ChIP实验时,需注意抗体的特异性、抗原溶解缓冲液的性质、实验温度控制以及抗体与缓冲液比例的调整。合理设置实验条件,可提高ChIP实验的效率和准确性。
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