药物经济学最早起源于美国，从1950年代以后，美国的公共医疗保健费用迅速增长，高昂的医疗保健费用令政府和社会保障机构不堪重负，为了使有限的医疗保健资源能够最大限度的发挥效用1979年美国国会责成其下属的技术评定局对公共医疗费用进行成本效用分析，此后到了1980年代，产生了Pharmacoeconomics（药物经济学）这一英文词汇，1989年在美国出版了第一本药物经济学专业期刊《Pharmacoeconomics》，1991年专著《药物经济学原理》出版，药物经济学作为一门交叉学科初步形成。
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