该校最好的专业有机械工程、船舶与海洋工程、临床医学、工商管理。
1、机械工程：在第四轮学科评估中被评为A加，是上海交通大学机械工程学科的重要组成部分。
2、船舶与海洋工程：在最新发布的2021年QS世界大学排行榜中，上海交通大学位列全球47位，其中船舶与海洋工程专业在评估中位列世界第一。
3、临床医学：在教育部第四轮的学科评估中，这5个专业获得A加的评级，在全国各高校同类专业中居前百分之2或者前两名。
4、工商管理：在第四轮学科评估中获得A加的评分，在全国各高校同类专业中居前百分之2。
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