我在台州读大学，并通过了会计证的三门考试，但户口在温州，我该去台州财政厅还是温州财政厅领会计证

那边领的都可以的。如果说你要继续考初级的话。建议你还是在温州领比较好。因为这样考试的时候就直接回温州考。不用跑来跑去的。