地球探测科学与技术学院下设4个教学系：地球物理系、地球化学系、测绘工程系、遥感与地理信息系统系；3个院管研究所：地球物理研究所、地球化学研究所和地学信息系统研究所。2008年起，学院代管吉林大学综合矿产信息预测研究所。
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