Plant GARDEN：植物大型基因组数据库
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- 2025-05-06 16:19:34
植物基因组数据库Plant GARDEN：提供跨物种多样化信息的门户
摘要：本文介绍了一个名为Plant GARDEN的植物基因组数据库，其目标是为植物科学领域及其他相关领域提供植物基因组信息。Plant GARDEN提供了一个方便的用户界面，以易于理解的方式呈现数据，同时支持在不同植物物种间进行关键词交叉搜索。通过使用Elasticsearch作为搜索引擎，Plant GARDEN能够收集并整合多种数据类型，包括参考基因组、基因序列、DNA标记、SNP以及序列读取存档（SRA）上的变异信息。
背景与主体：随着植物基因组信息的快速增长，需要一个高效系统来检索植物界众多植物物种的基因组相关信息。Plant GARDEN数据库整合了来自多种植物物种的基因组信息，提供了一个跨物种的搜索功能，旨在为植物研究与开发提供重要资源。
构建与内容：Plant GARDEN网站提供了面向个人计算机和平板电脑的基于Web的用户界面，支持快速的全文搜索。系统框架包括REST风格设计与Elasticsearch作为搜索引擎。数据库内容覆盖了多种类型的数据，如已组装的基因组序列、基因序列、DNA标记、性状相关位点以及SNP列表。
数据结构与功能：Plant GARDEN通过RESTful API进行数据展示，支持快速全文搜索，并且在系统中使用了名为pges的关键词搜索系统。此外，数据库包含从公共数据库收集的基因组序列、基因序列、SNP变异、基于PCR的DNA标记以及性状相关位点。基因的功能重新注释使用Hayai-Annotation工具根据KusakiDB数据库进行，以提高基因比较的准确性。
功能与工具：Plant GARDEN提供了基因搜索、物种搜索和BLAST搜索功能，支持关键词和精确搜索。数据库中还包含了基因组浏览器，如JBrowse和TASUKE+，用于可视化基因组信息。网站也提供了用于非生物信息学专家的分析工具。
Plant GARDEN的目标是向植物科学领域及其他相关领域提供植物基因组信息，通过易于理解的用户界面，促进植物基因组和基因多样性的理解。随着数据库的不断扩展，Plant GARDEN将为植物研究与开发提供重要资源。
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