有单纯酶和结合酶两种。单纯酶只含蛋白质，不含其它物质，其催化活性仅由蛋白质的结构决定。结合酶则由单纯蛋白质和辅基组成，辅基是结合酶催化活性中不可缺少的部分。
根据催化反应的类型，可以把酶分成六大类：(1)氧化还原酶——如细胞色素氧化酶、乳酸脱氢酶、氨基酸氧化酶。(2)水解酶——如胃蛋白酶、淀粉酶、蔗糖酶、脂肪酶等。(3)转移酶——如转氨酶等。(4)裂解酶——如碳酸酐酶等。(5)异构酶—如磷酸葡萄糖异构酶等。(6)合成酶——如谷氨酰胺合成酶、谷胱甘肽合成酶等。
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